Pada awal berdirinya, program S1 Fakultas Ekonomi Universitas Udayana hanya memiliki dua jurusan, yaitu Ekonomi Umum, dan Perusahaan. Kemudian dengan diberlakukannya Sistem Kredit Semester, Program S1 Fakultas Ekonomi Unuversitas Udayana memiliki dua jurusan, yaitu Ilmu Ekonomi dan Studi Pembangunan dan Manajemen.

Kemudian pada tahun 1983 dimulailah pendidikan Program Studi Akuntansi di Fakultas Ekonomi Universitas Udayana. Pada tahun 1994 setelah ada persetujuan dari Dikti, Program Studi Akuntansi secara resmi menjadi Jurusan Akuntansi yang telah bebas Ujian Negara Akuntansi (UNA) dengan S.K. Dikti No. 2755/D/T/1995 tanggal 6 Oktober 1995.

Pada tanggal 16 Juli 1996, dengan S.K. Dirjen Dikti No. 360/DIKTI/Kep/1996 dibentuk Program Ekstensi dalam Program-program Studi Ekonomi Pembangunan, Manajemen dan Akuntansi pada Fakultas Ekonomi Universitas Udayana. Program Ekstensi diselenggarakan agar tidak merugikan, tetapi justru dapat membantu Kelancaran penyelenggaraan program reguler (SK Dikti No. 199/DIKTI/Kep/1996).

Dengan SK Rektor Unud tertanggal 3 September 1996, No. 107/J14/PP.01.01/1996, dibentuk Personalia Unit Pelaksana Program Ekstensi pada Fakultas Ekonomi Unud. Ketua Unit Pelaksana bertanggung jawab kepada Dekan Fakultas Ekonomi, yang selanjutnya mempertanggungjawabkan kepada Rektor.

Pada tahun 1997, Fakultas Ekonomi bersama-sama dengan Depnaker yang dituangkan dalam surat nomor 1969/W.21/IIIa/1997 tentang pembentukan Bursa Tenaga Kerja untuk melayani alumni Unud terutama FE. Dengan demikian hingga saat ini Program S1 (Reguler dan Ekstensi) Fakultas Ekonomi Universitas Udayana memiliki tiga jurusan.

Program D III yang digolongkan dalam Pendidikan Strata Nol (S0) pada awal berdirinya pada tahun 1990 memiliki dua program, yaitu Program Studi Akuntansi dan Keuangan.
Dengan berkembangnya kebutuhan masyarakat, terutama masyarakat pengguna lulusan Diploma, maka mulai tahun ajaran 1996/1997 Fakultas Ekonomi Universitas Udayana menyempurnakan Program Studi Keuangan menjadi Program Keuangan dan Perbankan
dan mulai tahun ajaran 1998/1999 dibuka program baru yaitu Program Diploma 3 Pemasaran dan Program Diploma 3 Perpajakan.

Pada program S2, yakni MM dan MEP, sampai saat ini masing-masing memiliki 4 dan 3 konsentrasi.
Program Magister Manajemen (MM), pada awalnya dibuka konsentrasi Manajemen Pemasaran, Manajemen Keuangan, dan Manajemen Bisnis Pariwisata. Pada tahun 2000 dan 2001 berturut-turut, program ini menambah satu konsentrasi baru yaitu Manajemen Sumber Daya Manusia dan Manajemen Sektor Publik.
Program Magister Ekonomika Pembangunan (MEP) sampai saat ini memiliki 3 konsentrasi yaitu konsentrasi Pembangunan Daerah, Ekonomi Industri dan Keuangan Daerah. Pada tahun 2004 dibuka satu konsentrasi lagi, yakni Moneter, Keuangan dan Perbankan.

Dengan diterbitkannya SK Menteri Pendidikan Republik Indonesia No. 179/U/2001 tentang penyelenggaraan Pendidikan Profesi Akuntansi (PPAk) maka sebutan akuntan diberikan setelah seseorang menyelesaikan pendidikan S1 Jurusan Akuntansi dan Pendidikan Profesi Akuntansi (PPAk).

Fakultas Ekonomi Universitas Udayana telah memperoleh ijin penyelenggaraan program PPAk dari Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional dengan surat ijin nomor 3827/D/T/2003, pada tanggal 20 Nopember 2003.